Fernando Ayala ist Diplom-Volkswirt (Universität Zagreb in Kroatien) und hat einen Master in Politikwissenschaft von der Katholischen Universität von Chile. Seit Januar 2020 arbeitet er in der Abteilung für strategische Entwicklung der Universität von Chile und als externer Berater der FAO.

36 Jahre lang war er Beamter des chilenischen Außenministeriums in Ecuador, Südkorea, Schweden, den Vereinigten Staaten und Italien. Als Botschafter vertrat er sein Land ab 2004 in Vietnam, Portugal, Trinidad und Tobago (gleichzeitig in Suriname, Guyana, St. Vincent und die Grenadinen, Barbados und Grenada); sowie in Italien (gleichzeitig in Malta und San Marino und vor den in Rom ansässigen Organisationen der Vereinten Nationen: FAO, IFAD und WFP).

Am 10. März 2018 trat er von der diplomatischen Laufbahn zurück.