Die Schwerpunkte der Sammlung liegen im Spätmittelalter und in der Frühen Neuzeit. Die gemeinsame Betreuung beider Sammlungsbereiche ermöglicht ein integrales Verständnis der ansonsten meist getrennten Malerei-Gattungen.

Die Glasmalereisammlung gehört zu den bedeutendsten im deutschen Sprachraum und zu den frühesten Sammelgebieten des Germanischen Nationalmuseums.

International hohe Beachtung genießen die Spitzenwerke der Malerei und Glasmalerei vom 13. bis 16. Jahrhundert, insbesondere Arbeiten von Künstlern wie Albrecht Dürer, Hans Baldung Grien, Hans Burgkmair und Lukas Cranach, aber auch Barockgemälde von Rembrandt, Liss und anderen bedeutenden Meistern.