Bereits Vinzenz Maria Süß, der Begründer des Salzburg Museum, sah sich Mozarts Vaterstadt, der Wiege des großen Meisters der Töne verpflichtet, historische Musikinstrumente in seine Erwerbungsbemühungen mit einzubeziehen. In einem Jahresbericht von 1865 verzeichnete er in der so genannten Instrumentenstube die bis dato gesammelten Tonwerkzeuge, die er bereits mit 172 Einträgen bezifferte und durch Literatur, Büsten und Porträts vorzüglicher Salzburgischer Tonkünstler und Compositeurs ergänzte. Damit legte er die Basis für die heutige, stetig wachsende Sammlung Musikinstrumente.

Das Spektrum der Sammlung erstreckt sich über alle Instrumentengattungen vom 16. bis ins 20. Jahrhundert und bietet vor allem einen Überblick über das Instrumentarium des 17. und 18. Jahrhunderts in Salzburg. Der Bogen spannt sich von einer 1524 gefertigten, später zur Theorbe umgebauten Laute aus der Werkstatt Michael Gartners bis hin zu einem Aluphon, einer 4 x 4 Meter großen Klanginstallation von Werner Raditsching, die 1993 im Rockhouse Salzburg erklang. Darüber hinaus verwaltet das Salzburg Museum seit 1995 die Sammlung Cubasch (Blasinstrumente) und seit 2001 die Sammlung Wlaschek (Tasteninstrumente).

Die Objekte der Sammlung Musikinstrumente sind vor allem Dokumente lokaler Musik- und Kulturgeschichte. Sie erzählen vom Musikgeschmack vergangener Epochen, historischen Ereignissen und Persönlichkeiten wie das Clavichord von Maria Anna Freifrau von Berchtold zu Sonneburg, geb. Mozart, der Hammerflügel von Johann Michael Haydn oder die Prunkharfenzither von Joseph Achleitner, Kammervirtuose Ottos I. von Griechenland. Neben Tasteninstrumenten finden sich Blas-, Streich-, Zupf- und Schlaginstrumente verschiedener Art und Datierung wie auch Kombinationsinstrumente in der Sammlung. Positive, Regale, Cembali, Clavichorde und Hammerklaviere sind hier ebenso zu finden wie ein „Stählernes Gelächter“. Der barocke Geigenbau in Salzburg schuf so manches Meisterwerk an Streich- und Zupfinstrumenten, die durch Namen wie Michael Gartner, Marcell Pichler, Ulrich Rämbhardt, Johannes Schorn und Andreas Ferdinand Mayr belegt sind. Des Weiteren ist diese Instrumentengattung durch einen reichen Bestand an Geigenbögen, Trumscheite, Cistern, Hackbretter, Zithern, Gitarren und Harfen vertreten. Das Bild lokaler Musizierpraxis wird durch Blockflöten v. a. in Tenor- und Basslage, Stockflöten, Querpfeifen und -flöten, Pommern, Schalmeien, Dulziane, Oboen und Fagotte sowie vorwiegend aus Nürnberg und Wien stammenden Blechblasinstrumenten wie Signalhörner, Waldhörner, Trompeten und Posaunen ergänzt. Trommeln, Selbstklinger wie Maultrommeln, Schellenbäume und Nagelgeigen sowie mechanische Saitenspiele beschließen den Überblick der Sammlung.

Der in der Gründung der Sammlung vorgegebene Schwerpunkt eines Salzburg- Bezugs ist auch zukünftige Sammlungsstrategie. Neben historischen Instrumenten werden derzeit auch Erzeugnisse des zeitgenössischen Instrumentenbaus gesammelt und für zukünftige Generationen dokumentiert.

Ausgewählte Objekte der Sammlung Musikinstrumente sind in den Schausammlungen des Salzburg Museum präsent und werden je nach Themenausrichtung auch in den verschiedenen Sonderausstellungen gezeigt. Der gute Erhaltungszustand und die internationale Exklusivität mancher Objekte weckt auch das Interesse externer Museen.

Der wissenschaftliche Dialog wird derzeit durch eine aktive Vernetzung mit den Universitäten Salzburgs gefördert und durch Hochschulraumstrukturmittel des Bundesministeriums für Wissenschaft, Forschung und Wirtschaft bis 2018 unterstützt. Die laufenden Projekte bieten dem universitären Nachwuchs Zugang zu den Zeugnissen „Salzburger Musikgeschichte“ im Museumsbestand und schaffen u. a. darüber hinaus visuelle Tondokumente der historischen Musikinstrumente.