Neben der Sammlung des Museums für Islamische Kunst in Berlin gehört die Islam-Sammlung des MKG zu den bedeutendsten innerhalb Deutschlands. Das Fundament der Sammlung bilden Ankäufe des Museumsgründers und Direktors Justus Brinckmann (1843-1915) zwischen 1880 und 1915. Einige seiner Erwerbungen zählen zu den kostbarsten Schätzen des Bestandes. Zu ihnen gehören zwei Werke international herausragender Buchkunst: Der Gedichtband des osmanischen Sultans Süleyman des Prächtigen (1494/95/96-1566) ist weltweit einer von drei überlieferten, noch existierenden Gedichtbänden dieses Sultans. Äußerst selten ist auch ein farbiger Bucheinband aus Leder, bemalt mit Lack, Gold und Silber.

Beide Werke stammen aus dem 16. Jahrhundert. Weitere Kostbarkeiten sind ein osmanisches Fliesenfeld aus der türkischen Stadt Iznik (16. Jahrhundert) sowie Teile der Fliesenverkleidung von dem Mausoleum des Königs Buyan Kuli Khan von 1358 aus der Stadt Buchara im heutigen Usbekistan. Besonders bemerkenswert ist der Fliesenbestand aus dem maurischen Spanien des 15. und 16. Jahrhunderts. Einzigartig sind auch die mamlukischen Metallarbeiten aus dem 15. Jahrhundert. In der Nachkriegszeit wurden vor allem islamisches Glas und bedeutende Teppiche angekauft. Spitzenstücke der Sammlung sind ein extrem fein geknüpfter Teppich aus dem Moghul-Reich in Indien und Fragmente eines höfischen Teppichs aus dem Iran des 16.

Jahrhunderts. Einem Wunder gleich kommt die 2011 erworbene fehlende Hälfte dieses seltenen Meisterwerks der frühen Knüpfkunst, das lange als verschollen galt. Die Sammlung Islamische Kunst ist seit April 2015 wieder in neuer Präsentation vollständig zu sehen.