Die Antikensammlung umfasst insgesamt 5.500 Kunstwerke aus mehr als vier Jahrtausenden, darunter Objekte aus dem Alten Orient, Ägypten sowie Kunst der Griechen, Etrusker und Römer. Die aus vielfältigen Materialien bestehenden Ausstellungsstücke gewähren Einblick in Grabkultur, religiöse Vorstellungen, kulturellen Austausch, Alltagsleben und Kunsthandwerk der Antike sowie ihrer Rezeption. Reliefs und Beigaben wie Steingefäße, Amulette und Statuetten zeigen die ägyptische Grabkultur.

Entwicklungen lassen sich an Mumiensarkophagen, Stuckmasken und Mumienporträts verfolgen. Unterschiedliche kulturelle Einflüsse spiegeln sich in Götterfiguren wider. Eindrucksvoll sind die koptischen Textilien. Im Vorderen Orient finden sich herausragende Edelmetallarbeiten, u. a. der Achämeniden. Aus der ägäischen Bronzezeit stammen Kykladenidole, Keramik sowie Schmuck. Zentrale Themen der griechischen Lebenswelt wie Konkurrenz, Krieg, Sport, Trinkkultur oder die Rolle der Frau werden illustriert. Weihreliefs und Votive geben einen Einblick in die Kultpraxis griechischer Heiligtümer. Grabgefäße und attische Grabreliefs dokumentieren die Veränderungen vom 8. bis zum 3. Jahrhundert v. Chr. Schwerpunkte der Sammlung sind griechische Keramik aus Süditalien und Athen, antiker Schmuck, das römische Porträt sowie Kunst der Etrusker. Weltweit einmalig ist die Sammlung antiker Heroldstäbe.

Dank zahlreicher Schenkungen und Stiftungen wächst die Sammlung kontinuierlich. 1917 übernahm das MKG die Sammlung des Hamburger Kaufmanns Johannes W. F. Reimers mit über 1500 Objekten griechischer und italischer Keramik. Aus der Sammlung Dr. Walter Kropatscheck gelangten 1984 127 griechische Vasen und Bronzen von hoher Qualität ins MKG. 1989 folgten Terrakotten ptolemäisch-römischer Zeit aus der Sammlung Friedrich Gütte sowie 1996 die Sammlung antiken Schmucks Kobe von Koppenfels. Zu den letzten Schenkungen und Stiftungen zählen ein dreiteiliger Klappspiegel aus Syrakus, 2007 mit Unterstützung von Georg W. Claussen erworben, und eine bronzene Aphrodite-Statuette, erworben 2011 aus der Sammlung Andre Derrain. Die Antikensammlung ist nach der Neukonzeption seit September 2012 wieder vollständig und in neuer erzählerischer Struktur zu sehen.